A governança nos arranjos produtivos refere-se ao modo de coordenação, comando, intervenção e participação dos atores do arranjo. Devido ao significativo aumento do interesse da política pública em arranjos produtivos locais no Brasil, é oportuno compreender essa variação e/ou interdependência de governança de cada arranjo territorial. O presente artigo compara estruturas de governança em três arranjos produtivos locais (APLs): a) Birigui (calçados infantis), b) Jaú (calçados femininos) e c) Piracicaba (APL do álcool). A coleta de dados em organizações de interesses e em 31 empresas dos três arranjos paulistas foi realizada por entrevistas em profundidade in loco nas empresas. No artigo são identificadas as influências distintas nas governanças dos arranjos produtivos. Os resultados da pesquisa revelam: 1) a governança teve interferência positiva na cooperação e no desenvolvimento de empresas; 2) as possibilidades de desenvolvimento dos APLs dependem em grande parte das formas de governança pública ou privada; 3) as governanças desses arranjos produtivos locais são heterogêneas, complexas e, em alguns casos, interdependentes com outras distintas; e 4) os atores coordenadores dos arranjos determinam as relações, recursos e regras, propondo novas ordens institucionais e organizacionais